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Objetivo : identificar deficiencias en el tratamiento de la anemia por deficiencia de hierro en los niños inscritos en el Programa Nacional de Suplementação de Ferro y tratados en los centros de salud pública de Florianópolis Santa Catarina, Brasil. Método : estudio transversal con los datos secundarios del sistema InfoSaúde. Se obtuvo información sobre la dosis prescrita de sulfato de hierro para tratar la anemia por deficiencia de hierro, datos demográficos y antropométricos de los niños inscritos en Programa Nacional de Suplementação de Ferro en 2010. El software STATA 11.0 fue usado en el análisis y los valores de p≤0,05 se consideraron significativos. Resultados : de los 834 niños inscritos en el programa, 68 fueron diagnosticados como anemia, de los cuales 58 recibieron indicación para el uso de sulfato ferroso. Conclusión : los niños menores de seis meses (65,1%), que viven en zonas económicamente desfavorecidas (66,7%) y no hay riesgo de déficit de talla/edad (puntuaciónZ≥-1,0 =52,1%) fueron aquellos que recibieron dosificación más inadecuada del suplemento (<3mg/kg/ día). Los resultados son relevantes para educar a profesionales de la salud acerca de su papel para el tratamiento eficaz de la anemia por deficiencia de hierro.