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Objetivo: Determinar las diferencias en el crecimiento de la microflora de cavidad oral proveniente de pacientes con alimentación a través de sonda transnasal con aquellos alimentados por via oral. Metodología: Se seleccionaron 15 pacientes con alimentación a través de sonda transnasal (grupo de estudio), y 15 pacientes con alimentación por vía oral (grupo control), ambos grupos procedentes de los servicios de medicina interna y cirugía del Hospital Nacional Dos de Mayo, Lima-Perú, quienes cumplían los criterios de inclusión para ser considerados en la muestra. Se hizo una valoración del crecimiento microbiológico en medios selectivos para estreptococos y cándida albicans, de la muestra de fondo de surco de la cavidad oral, tomados mediante hisopado a los pacientes previamente seleccionados. Resultados: Se realizó la valoración del crecimiento y se realizó el análisis estadístico mediante chi cuadrado con un nivel de significancia de p < 0.05 para estreptococos y p < 0.005 para cándida albicans. Conclusiones: Existe mayor crecimiento de estreptococos y candida albicans en pacientes con alimentación a través de sonda transnasal en comparación a los pacientes con alimentación por vía oral.