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Problema: Evidencia científica relaciona por género mayor sedentarismo en niñas. Objetivo: Comparar por género la actividad física moderada a vigorosa, tasa de gasto energético, frecuencia cardiaca y percepción de esfuerzo en estudiantes de tercero y cuarto grado de primaria durante la clase de educación física y el recreo. Método: Participaron 65 estudiantes (edad 8.7±0.4 años) evaluando 16 clases de educación física y recreo utilizando como instrumentos el sistema para observar el tiempo de instrucción de actividad física, pulsometro polar® y la tabla de clasificación gráfica de esfuerzo para niños. Resultados: El test t-Student reporto diferencias significativas en educación física con mayores promedios en hombres que mujeres de actividad física moderada a vigorosa (0.001), tasa de gasto energético (0.002) y frecuencia cardiaca (0.005). Conclusión: Es importante retroalimentar la manera de impartir la clase de educación física con estrategias didácticas y contenidos que equitativamente involucren las mujeres en actividad física.