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Las infecciones diarreicas agudas (IDAs) son problemas comunes en niños menores de 5 años en nuestro país y la Región Loreto. Sin embargo, se desconocen los agentes microbiológicos causales de estas infecciones. Para cubrir estos vacíos en el conocimiento, el objetivo de esta investigación fue realizar la identificación molecular de <em>Escherichia coli</em> enterotoxigénica (ECET) en niños con infecciones diarreicas agudas mediante la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Se colectaron 188 muestras diarreicas de niños menores de cinco años de siete Centros de Salud de Iquitos. A partir de estas se aislaron cepas de <em>E. coli</em>, se extrajo el ADN y amplificó regiones de los genes que codifican las enterotoxinas lábil al calor (LT) y estable al calor (ST). De los 188 casos con IDAs se ha encontrado que ~83% son atribuibles a infecciones por cepas de <em>E. coli</em> y de estas ~18% fueron identificadas molecularmente como ECET por presentar el gen <em>LT</em> (19) o el gen <em>ST</em> (9). En conclusión, la mayoría de las IDAs en niños &lt; 5 años de Iquitos están asociadas con cepas de <em>E. coli</em>. Una fracción importante de estas cepas han sido identificadas molecularmente (mediante PCR) y demostrado que pertenecen al patotipo ECET. Asimismo, se ha evidenciado que las cepas ECET portadoras del gen <em>LT</em> predominan con respecto a las que tienen el gen <em>ST</em> y no se ha encontrado cepas ECET que porten de forma simultánea ambos genes.