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La teoría atómica moderna nace en 1808 de la mano de Dalton y luego de algunos ajustes fue ampliamente usada por los químicos para explicar las reacciones químicas. A mediados del siglo XIX era usada para entender la estructura de moléculas orgánicas, mientras que entre los físicos la concepción atomista de la materia recién daba sus primeros pasos con Maxwell y la teoría cinética de los gases. Boltzmann continuó en esa línea y se enfrentó a figuras influyentes de su época que se resistían a la existencia de los átomos. Finalmente, a principios del siglo XX varios experimentos y en particular los de Perrin sobre movimiento browniano convencieron finalmente a los físicos de su existencia. Curiosamente, la comunidad de los químicos se adelantó medio siglo a los físicos en aceptar la teoría atómica. Este artículo discute y analiza esta peculiar historia.