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La filogeografía se define como la disciplina que estudia los principios y procesos que gobiernan la distribución geográfica de los linajes genealógicos. Dos de las áreas de estudio donde se utilizan aproximaciones filogeográficas cada vez con mayor frecuencia son la taxonomía y la conservación. En esta revisión presentamos primero un resumen general sobre filogeografía y posteriormente discutimos cómo se han llevado al cabo estudios de taxonomía y conservación empleando aproximaciones filogeográficas, enfatizando sobre todo las limitaciones que deben considerarse. Incluimos ejemplos relevantes de estudios con animales que permitirán a los lectores conocer el sentido y alcance de dichas aplicaciones y diseñar adecuadamente estudios con estos objetivos. Palabras clave: ADN, Biogeografía, Estructura genética, Genealogía.