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São apresentados os resultados da análise taxonômica das diatomáceas epilíticas no rio Itajaí-Mirim, Estado de Santa Catarina, com base em amostragens realizadas na estação de primavera (setembro de 2003). Foram identificadas 22 espécies pertencentes a 18 gêneros e 13 famílias. Dentre estes, Gomphonema affine, Hipodonta hungarica, Navicula capitatoradiata, Pleurosira laevis var. laevis, Surirella angusta e Tryblionella levidensis são citações novas para o Estado de Santa Catarina. Houve variação na composição específica da comunidade de diatomáceas nos diferentes trechos do rio para este período, observando-se espécies distribuídas em todos os segmentos amostrados, e outras restritas a trechos mais preservados do sistema lótico