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O sequenciamento de DNA surge na atualidade como ferramenta potencial na identificação correta de espécies, estudos de evolução e filogenia, quantificação e monitoramento da biodiversidade, análise forense, entre outros. As regiões rbcL + matK foram definidas pelo Consórcio Internacional de Barcode (CBOL) como regiões padrões para barcode de plantas. Em 2011 foi criado o BR-BOL com o objetivo de promover de maneira sistematizada a identificação molecular da biodiversidade brasileira. Para identificação de plantas estão sendo analisadas as regiões propostas pelo CBOL e outros autores. Para algumas espécies da famí­lia Sapotaceae, entretanto, fica evidenciado que tais regiões não são eficientes na identificação molecular dessas espécies. Outras regiões conservadas, diferentes das propostas vêm sendo testadas e apresentam resultado satisfatório na discriminação molecular de espécies de regiões tropicais, como apresentado aqui para o gênero Manilkara.