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El aprendizaje de la evolución presenta múltiples dificultades, entre ellas ciertos modos de razonar u obstáculos epistemológicos. Estos obstáculos no son eliminables, por lo que se espera desarrollar en los estudiantes la habilidad de regularlos metacognitivamente al momento de aprender o utilizar un modelo científico. En este trabajo se analiza la relación entre dicha regulación y los diferentes modos de representar que pueden utilizarse en una clase de biología. A partir de un análisis multimodal, se examinaron las regulaciones que llevaron adelante estudiantes de Educación Secundaria Obligatoria en el marco de una secuencia didáctica para aprender evolución. Encontramos que modos de representar como la oralidad, los dibujos o los esquemas conceptuales poseen diferentes potencialidades para ayudar a la regulación metacognitiva de los obstáculos epistemológicos.