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Introdução: A difteria, uma doença aguda e potencialmente fatal, é causada principalmente pelo Corynebacterium diphtheriae e os principais sinais e sintomas decorrem dos efeitos da toxina diftérica (TD), produzida pelo microrganismo quando portador do gene tox. Classicamente, são diferenciados quatro biovares: Gravis, Mitis, Intermedius e Belfanti. Nas últimas décadas, cepas atoxigênicas têm sido isoladas de infecções diversas, sendo considerados patógenos emergentes em potencial, capazes de causar doenças graves e não evitáveis por vacina. Adicionalmente, como o isolamento delas não é de notificação compulsória, são escassos os dados epidemiológicos destas infecções no Brasil e ainda há poucos estudos sobre a resistência antimicrobiana destes isolados. Objetivo: Analisar os genomas completos de cepas de C. diphtheriae (n = 5) isoladas de lesões cutâneas no Brasil entre os anos de 2020 e 2022. Métodos: O sequenciamento foi realizado pela plataforma MiSeq Illumina, o genoma montado de novo pelo software CLC Genomics Workbench e submetido às análises: rMLST e MLST para a confirmação da espécie e Sequência Tipo (ST), respectivamente, e ResFinder para detecção de genes de resistência. As árvores filogenéticas construídas utilizando o programa MEGA versão 11. O método selecionado foi o Neighbor-Joining e a distância inferida foi calculada usando o modelo de Kimura-2 parâmetros. A robustez das topologias foi realizada através da análise de bootstrap (1.000 réplicas). Resultados: Os genomas apresentaram tamanho médio de 2,4 Mb e conteúdo de GC de 53,5%. As análises confirmaram a identificação das cepas como C. diphtheriae tox-. Foram encontrados dois STs conhecidos e mais três novos. Alguns genes de resistência também foram encontrados (cmx, sul1, tet(33) e tetW). Conclusão: Os dados genômicos de cepas atoxigênicas de C. diphtheriae em circulação no Brasil pode contribuir para o monitoramento da emergência e disseminação de clones virulentos e resistentes a agentes antimicrobianos.