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Se emplea la metodología jackknife para muestreo con probabilidades desiguales en la estimación de varianza de estimadores basados en diseños de muestreo en dos fases con probabilidades desiguales. Se asume que los parámetros por estimar y sus estimadores se pueden escribir como funciones de medias poblacionales y muestrales, respectivamente. El estimador propuesto permite la estimación consistente de la varianza debida a cada fase muestral. También se presenta un estudio por simulación que sustenta los resultados teóricos obtenidos.