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Los problemas fitosanitarios afectan de manera drástica al cultivo o a la planta de eucalipto, por los daños que le producen. Botryosphaeria sp. está asociado a cancros y secamiento de yemas, muerte descendente, pudrición de frutos, pudrición del cuello y damping-off en plántulas, lo que es particularmente importante en las plantaciones comerciales de Eucalyptus para obtener madera en ciclos cortos. Con el objetivo de caracterizar e identificar a nivel molecular aislamientos de este hongo, en el trabajo que se describe a continuación se estimó, por un lado, la variabilidad genética en muestras enfermas con marcadores genómicos tipo ISSR, y por otro, se secuenció y comparó la región ITS. Los ISSR fueron analizados con técnicas multivariadas para agrupar a los aislamientos con base en su similitud genética, de lo que resultó que la mayoría de las muestras fueron muy similares entre sí, a nivel de genoma. Los resultados de la técnica de secuenciación de las regiones ITS indicaron la presencia de Neofusicoccum sp., Neofusicoccum parvum, Diplodia corticola, Lasiodiplodia pseudotheobromae, Neofusicoccum eucalyptorum y Neofusicoccum sp. En relación con los nucleótidos de la región secuenciada, la cantidad de polimorfismos entre los aislamientos estudiados y aquellos que se usaron como outgroups, obtenidos del GenBank, fue mínimo.