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Introducción y objetivos: Las condiciones extremas en el Desierto de Atacama de Chile son un obstáculo importante para la supervivencia de cualquier organismo. A pesar de esto, varias poblaciones de leguminosas de Geoffroea decorticans han prosperado en este entorno hostil y severo durante siglos. Aquí, tratamos de determinar la variabilidad genética en poblaciones de G. decorticans, dada su amplia distribución a través del Desierto de Atacama, el desierto más seco y antiguo de la Tierra. Los objetivos específicos del presente estudio fueron determinar el nivel de diversidad genética y evaluar la estructura genética en ocho poblaciones de G. decorticans del Desierto de Atacama chileno. M&M: Ochenta y cuatro individuos G. decorticans fueron seleccionados para muestreo en ocho localidades en el norte de Chile. Se utilizaron cinco microsatélites para analizar la diversidad genética, la diferenciación entre poblaciones, la estructura de la población y el flujo de genes. Resultados: La mayoría de las poblaciones analizadas del Desierto de Atacama mostraron una alta diversidad genética, con la excepción de PACH. Las poblaciones de G. decorticans (chañar) también mostraron una alta diferenciación genética y un flujo genético moderado dado por la barrera natural impuesta por el Desierto de Atacama. Las ocho poblaciones de chañar estudiadas se separaron en grupos de las regiones norte y sur.