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En las últimas décadas, los marcadores genéti-cos han sido utilizados con éxito en la caracterización de la estructura poblacional de grupos humanos que han habitado cada región de nuestro planeta. En el caso de Colombia, los marcadores asociados al ADN mitocondrial y al cromosoma-Y han sido los más utilizados para definir, respectivamente, linajes maternos y paternos no recombinantes. Hallazgos como el que reportamos en el año 2007, demostrando la filiación biológica entre los indíge-nas de la Sierra Nevada (Kogi, Arsario, Ijka) y las tribus centroamericanas como los Maya, abrieron la puerta a sucesivas investigaciones moleculares con el propósito de aportar nuevos elementos en el estudio del poblamiento americano. Estos estu-dios se han dividido operativamente en dos áreas asociadas al tipo de material biológico disponible.