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La enfermedad periodontal se caracteriza por la pérdida del balance que existe entre la relación bacteria-hospedero resultando en un proceso inflamatorio que destruye los tejidos de protección y soporte del diente. Los conocimientos actuales sobre la etiopatogénesis periodontal aceptan que la proliferación de ciertos microorganismos en el ambiente subgingival están asociados con enfermedad periodontal destructiva. La identificación de dichos patógenos periodontales permite un acercamiento más racional al diagnóstico, tratamiento y pronóstico de las enfermedades periodontales. Diferentes técnicas de diagnóstico microbiológico periodontal se han empleado desde los inicios del siglo pasado y van desde la evaluación microscópica de la placa bacteriana dental hasta las modernas técnicas moleculares de detección de genomas virales/bacterianos. Cada una de estos métodos de detección microbiana posee ventajas y desventajas. En general, las técnicas de diagnóstico microbiológico ofrecen información importante acerca de la composición microbiana subgingival y en algunos casos, como el cultivo microbiológico, determinan susceptibilidad de los microorganismos a los antibióticos. Este artículo revisa y discute las diferentes técnicas disponibles para el diagnóstico microbiológico y su importancia en el diagnóstico y tratamiento de la enfermedad periodontal.