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Resumo: A malacocultura é uma atividade em crescimento no Brasil, especialmente em Santa Catarina, com a maior produção de moluscos ocorrendo nas baías da Ilha de Santa Catarina. O governo brasileiro, através de recomendações e normas, estabeleceu um programa de monitoramento e controle das áreas de produção, focando a qualidade dos alimentos provenientes da malacocultura. Para que seja viabilizada a exportação da carne, o mercado internacional exige uma série de estudos que garanta a qualidade sanitária da região produtora. Nesse sentido, um estudo sanitário ambiental foi aplicado na região das Baías da Ilha de Santa Catarina (BISC), tendo por base, mas não limitado a, a exigência europeia do Centre for Environment, Fisheries & Aquaculture Science (Cefas). Este trabalho visou levantar os custos e avaliar a viabilidade econômica do desenvolvimento de estudo sanitário ambiental para apoio na definição de áreas apropriadas para o cultivo comercial de moluscos. O  custo total do estudo foi de R$ 910.968,95, e o resultado do trabalho mostra que a implementação de estudo sanitário ambiental em áreas similares às baías  Norte e Sul são economicamente viáveis.