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Se comparó la frecuencia de morfotipos africanizados y europeos de abejas melíferas en dos municipios de Baja California. Se estudiaron 47 colonias en Mexicali y 34 en Ensenada, además de 11 enjambres silvestres migratorios capturados en Mexicali y cuatro en Ensenada. Se seleccionaron 10 abejas de cada colonia y enjambre, se midió la longitud del ala delantera y del fémur de la pata trasera derecha de cada abeja para discriminar morfotipos europeos y africanizados mediante la técnica morfométrica FABIS. Los resultados indican que en Mexicali 91.49 % de las colonias de abejas presentan morfotipos africanizados, mientras que en Ensenada es de 67.65 %. Esta diferencia en la propor-ción de africanización puede estar relacionada con las condiciones climáticas, geográficas y prácticas de manejo. Se recomienda sustituir las abejas reinas cada añoo, usando materiales genéticos seleccionados de origen europeo.