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El presente estudio se realizó en la confluencia de las microcuencas Baños, Minascocha y Quilla; que pertenece a la parte alta de la cuenca Chancay- Huaral, con la finalidad de identificar las zonas de mayor vulnerabilidad frente a los fenómenos de pluviométricos de gran intensidad (inundaciones). Para la modelación de dicho tramo se utilizó los caudales que fueron obtenidos mediante el software SWAT. La simulación de la inundación se realizó mediante el software IBER V2.5, el cual es un software libre, que es utilizado en la simulación de inundaciones en aguas someras, es decir poco profundas. Los archivos utilizados fueron: imágenes satelitales, archivos DEM, caudales máximos. También se utilizó los Sistemas de Información Geográfica: ArcGis 10.5, QGIS 3.8.2, SASPLANET, GLOBALMAPER. La base matemática fueron las ecuaciones bidimensionales de St. Venant, el cual incorpora la turbulencia y rozamiento del flujo. Los resultados se muestran en tres puntos estratégicos a la salida de cabeceras de cuenca, con secciones transversales, velocidad, calado y froude. Como resultados se observa que en cabeceras de cuenca no se observa inundaciones, las velocidades del flujo de agua disminuyen en función al tiempo y distancia, ello debido a las características geomorfológicas encajonadas, el macizo rocoso, los sedimentos morrénicos a leptosoles y la vegetación herbácea - arbustiva.