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A goiabeira (Psidium guajava L.) está entre as espécies cultivadas da família Myrtaceae possuindo grande importância econômica e social. A espécie possui alta diversidade genética, no qual é favorecida pela polinização cruzada e uso de sementes oriundas de progenitores heterozigotos na produção de mudas. Neste trabalho a diversidade genética da progênie da cultivar Paluma foi avaliada. Para tanto marcadores microssatélites foram avaliados em plantas oriundas de sementes de frutos grandes e pequenos da cultivar Paluma que coexiste em um pomar com outras 12 cultivares e 10 genótipos melhorados. Foi verificada diversidade genética na progênie. Os marcadores amplificaram 18 alelos, a heterozigosidade esperada foi de 0,57 e a observada de 0,86 e o índice de fixação foi negativo (-0,52), indicando excesso de heterozigotos. Os marcadores não acessaram diferenças genéticas entre progênies oriundas de frutos grandes e pequenos.  A diversidade na progênie é importante para o melhoramento da espécie.