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En los últimos años, se ha evidenciado en Costa Rica un aumento importante en la cantidad de casos de dengue, por lo que se necesitan estudios donde se identifiquen las condiciones que promueven la propagación de la enfermedad, el ciclo de vida del vector, así como fenómenos atmosféricos entre los que sobresale el fenómeno El Niño-Oscilación del Sur (ENOS). Objetivo: Analizar el efecto del Fenómeno ENOS en la propagación del virus del Dengue, en las Regiones Pacífico Central y Huetar Atlántico de Costa Rica en el periodo comprendido de 1990 a 2011. Métodos: se utilizó un estudio ecológico exploratorio, el cual tomó fuentes de información primaria, generadas por el Ministerio de Salud (MINSA), el Instituto Meteorológico Nacional (IMN) y el Instituto Nacional de Estadística y Censos (INEC). Resultados: en los periodos durante los cuales se presentó en el país la fase cálida, las incidencias acumuladas promedio mensuales aumentaron en el Pacífico y disminuyeron en el Caribe, mientras que durante los periodos en que se mantuvo la fase fría, la incidencia acumulada promedio mensual aumentó en el Caribe y disminuyó en el Pacífico. Conclusiones: el fenómeno del ENOS afecta el aumento y disminución de los casos de dengue en los litorales de manera inversa.