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O número crescente de registros de desastres deflagrados pela água evidencia a necessária gestão integrada de recursos hídricos e de riscos de desastres, em processo de governança. Também o nível territorial regional torna-se cada vez mais estratégico para lidar com as fragilidades econômicas e técnico-administrativas dos municípios brasileiros. A pesquisa objetivou desenvolver metodologia para analisar a estruturação organizacional-institucional afim de contribuir para o processo de tomada de decisão na governança da gestão de riscos de desastres nos níveis territoriais municipal e regional. O Índice de Estruturação Organizacional-Institucional (IEOI) desenvolvido teve base em indicadores de recursos humanos, organizacional, operacional, infraestrutura e recursos financeiros. A pesquisa teve abordagem quali-quantitativa, explicativa, com análise documental e aplicação de questionários. O estudo de caso foi a região da bacia hidrográfica do Rio Itajaí, que possui três associações de municípios. Observam-se a) baixos valores de IEOI, b) a correlação destes valores com a população estimada por município; e c) e a constatação do processo de vulnerabilização à riscos de desastres na BHRI. A aplicabilidade do IEOI propicia a visão de diferentes níveis territoriais e análises que evidenciam sua contribuição para tomada de decisão em processos de gestão integrada.