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AFLP es una técnica que combina PCR y análisis de fragmentos de restricción para detectar polimorfismos debidos a cambios en, o cerca de sitios de enzimas de restricción. La técnica detecta múltiples loci polimórficos a través del genoma. Son útiles para generar huellas genéticas o para mapeo. Las ventajas que ofrece el método de AFLP's son confiabilidad y consistencia, debido a las condiciones de alta estringencia bajo las cuales se llevan a cabo las reacciones de PCR y la habilidad de detectar rápidamente muchos loci polimórficos.