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Las lagunas costeras de Aiguamolls de lEmpordà presentan una hidrología característica de los humedales mediterráneos. A los episodios de inundación, súbitos e irregulares en el tiempo, le siguen largos períodos de confinamiento en los que no hay entradas de agua y las lagunas tienden a la desecación. Durante el confinamiento en estas lagunas aumenta la salinidad, se acumula fósforo y se producen pérdidas de nitrógeno por desnitrificación, de manera que el nitrógeno limita la producción primaria. La comunidad acuática está formada por especies eurihalinas, que toleran las frecuentes fluctuaciones de salinidad, y su estructura no sigue ningún patrón estacional, sino que responde a la irregularidad hidrológica. Así, las diferentes especies aparecen cuando se producen las situaciones hídricas que les son propicias.