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La presente investigación tuvo por objetivo caracterizar isoenzimáticamente a seis poblaciones de<em> Annona cherimola</em> de la Región La Libertad. Muestras de hojas tiernas de árboles con al menos dos fructificaciones fueron colectadas de las localidades de La Cuesta, Paday, Samne, Cascas, Poroto y Trujillo. Los perfiles electroforéticos de las enzimas PGI, APCH, MDH y ME fueron analizadas y procesadas. Encontramos polimorfismo sólo para los loci Pgi-1 y Me con siete y dos alelos respectivamente; valores promedio para polimorfismo de 0,40 y heterocigosidad media entre 0,206 (La Cuesta) y 0,285 (Poroto). Los resultados indican que existe una alta variabilidad fenotípica y genotípica en las seis poblaciones de <em>Annona cherimola</em> de la Región La Libertad.