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<strong>Fundamento:</strong> la expresión de empatía en la relación médico-paciente presenta múltiples beneficios en la atención a la salud. La evidencia indica menor empatía en fases avanzadas del desarrollo curricular en medicina. Existe escasa información al respecto en población mexicana. <br /><strong>Objetivo:</strong> identificar el nivel de empatía general y sus factores asociados en tres momentos distintos del desarrollo curricular en estudiantes mexicanos de medicina. <br /><strong>Métodos:</strong> estudio transversal, realizado en la Escuela de Medicina de una universidad privada en la Ciudad de México, sobre 161 estudiantes de medicina inscritos en primer, tercer y quinto semestre de la carrera de medicina que completaron la escala multidimensional de empatía, versión reducida. Se realizaron análisis por semestre y sexo; se identificaron subgrupos con diferente nivel de empatía y se realizó un análisis con estimadores de riesgo.<br /> <strong>Resultados:</strong> las mujeres fueron más empáticas que los hombres (p = 0,0001) excepto en la detección de emociones ajenas que no mostró diferencias entre sexos (p = 0,99). Las mujeres no mostraron diferencias entre semestres (p &gt; 0,05), los hombres de primer semestre fueron más empáticos que los de tercero y quinto (p = 0,005) particularmente para detectar emociones ajenas (p = 0,002). Ser hombre aumentó la probabilidad de mostrar menor nivel de empatía (OR = 2,36, p = 0,02). <br /><strong>Conclusiones:</strong> el menor nivel de empatía en estudiantes hombres de semestres avanzados de medicina puede comprometer los beneficios hasta ahora reportados de la expresión de esta habilidad en la relación médico-paciente y en consecuencia disminuir la calidad de la atención. Es necesaria una estrategia de instrucción en empatía para este grupo estudiantil.