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Uma das características mais marcantes do HIV-1 é a imensa diversidade observada entre as cepas que compõem a pandemia de HIV/AIDS. Na última década, a classificação das variantes do vírus em grupos, subtipos e formas recombinantes circulantes (CRF) e a observação de padrões específicos de mutação têm provado serem ferramentas poderosas para os estudos da dinâmica molecular do vírus. O acompanhamento da distribuição mundial da diversidade do HIV-1 tem sido empregado, por exemplo, em programas de vigilância epidemiológica, bem como na reconstrução da história de epidemias regionais. Além disto, a observação de padrões específicos de distribuição espacial do vírus sugere a existência de diferenças na patogenia e transmissibilidade entre os diversos subtipos. A análise molecular das seqüências do vírus também permite a estimativa do tempo de divergência entre as variantes e das forças dinâmicas que modelam as árvores filogenéticas.