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Introdução: O Streptococcus pneumoniae é uma das principais bactérias associadas a coinfecções virais. Informações quanto à colonização pneumocócica e coinfecções são limitadas, incluindo uma possível associação com SARS-CoV-2. O objetivo deste estudo foi descrever as frequências de colonização de S. pneumoniae e identificação outros agentes respiratórios patogênicos comuns, durante o primeiro ano da pandemia de COVID-19. Métodos: Estudo observacional prospectivo em participantes com idade >10 anos, com sintomas respiratórios, entre maio e novembro/2020. Foi realizado um painel respiratório abrangente para detecção de agentes respiratórios por RT-PCR, e nos positivos para S. pneumoniae seguiu-se com a identificação de 21 sorotipos. Foram coletadas informações clínicas e dados sobre gravidade/hospitalização. Resultados: Foram incluídos 1.297 participantes; a idade mediana foi de 36,8 anos (IQR = 27,5-47,3). 134/1.297 (10,3%) participantes estavam colonizados por S. pneumoniae e 33/134 (26,4%) tiveram sorotipos identificados. O sorotipo 19A foi o mais prevalente (21,2%, 7/33), seguido por: 23A (15,2%, 5/33) e 6C/6D (12,1%, 4/33). Os principais patógenos respiratórios identificados foram SARS-CoV-2 (36,4%, 472/1.296), rinovírus (34,8%, 449/1.291), Mycoplasma pneumoniae (1,4%, 18/1.291), e em menor percentual coronavírus HKU1 e NL63, enterovírus, metapneumovírus, adenovírus, representando 1,9% (25/1.291). A detecção de rinovírus foi associada à não-colonização pneumocócica (p < 0,001), enquanto que nos outros patógenos detectados não houve associação significativa para colonização. Não foram detectados: Bordetella pertussis, bocavírus; coronavírus (229E e OC43); vírus influenza A (H1 e H3); vírus influenza B; vírus parainfluenza (1, 2 e 3); e vírus sincicial respiratório (A e B). Não houve associação entre gravidade clínica e colonização pneumocócica. 5,5% (71/1.297) indivíduos foram hospitalizados; 4% (46/1.297) precisaram de oxigênio suplementar e houve 1% (15/1.297) de óbitos. 14,3% (185/1.297) referiram uso de antibióticos na semana anterior à inclusão no estudo, sendo que 94% (173/185) não eram colonizados (p = 0,049). Conclusão: Não houve associação da colonização com patógenos respiratórios ou desfechos por hospitalização. O sorotipo 19A foi o mais prevalente nessa população, sendo um potencial agente de infecção invasiva. A avaliação da prevalência é fundamental para monitorar o cenário epidemiológico e orientar a tomada de decisões em saúde pública.