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Haemophilus influenzae tipo b y Streptococcus pneumoniae son agentes frecuentes de infecciones en niños, siendo los principales agentes causales de otitis, neumonía, sepsis y meningitis, afectando principalmente a menores de 5 años. Las vacunas conjugadas para gérmenes encapsulados han disminuido notoriamente las distintas enfermedades causadas por estos gérmenes. A pesar de la disminución en la morbi-mortalidad se observaron fallas en estas vacunas. Los niños que presentaron fallos vacunales a Haemophilus influenzae tipo b asociaron más frecuentemente comorbilidades que la población general (prematuridad, infección por VIH, síndrome de Down, neoplasias, etc.). Sin embargo, la mayor parte de los niños no presenta antecedentes patológicos ni alteraciones inmunológicas. No existe consenso sobre si todos los pacientes con fallos vacunales deben ser valorados inmunológicamente ni cómo estudiarlos. Existen recomendaciones para indicar una dosis de refuerzo (booster) a pacientes portadores de estas comorbilidades o a niños que hayan presentado fallos vacunales aun en ausencia de las mismas. De las preparaciones vacunales disponibles para Haemophilus influenzae tipo b la asociación con el antígeno de Bordetella pertussis acelular demostró ser menos inmunógena, siendo actualmente desaconsejada. Respecto a las vacunas conjugadas para Streptococcus pneumoniae, se identificaron dos serotipos: 6B y 19F que muestran menor inmunogenicidad y mayor frecuencia de fallo vacunal en algunas series.