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The objective of this study was to characterize the genetic diversity within a Passiflora collection by PCR-RAPD markers. Genetic analysis was performed in 70 accessions, representing 11 species of the genus Passiflora. The use of only five primers produced 136 reproducible polymorphic bands. The hierarchical classification showed high levels of dissimilarities between and within the species studied. A clear separation was obtained among species and accessions of P. edulis and P. edulis f. flavicarpa, which were forms of the high commercial value species. The fingerprints produced from the studied genotypes would allow the identification of improved varieties/populations in an easy, fast and inexpensive manner.<br>A diversidade genética de Passiflora spp. tem sido estudada basicamente através de características morfológicas e agronômicas, levando à uma classificação até espécie. A caracterização intraespecífica por meio destes descritores necessita de um ciclo integral de cultivo, e é pouco discriminante. O objetivo deste estudo foi caracterizar a variação genética de uma coleção de Passiflora através da técnica RAPD. Análises moleculares foram realizadas em 70 acessos, envolvendo 11 espécies do gênero Passiflora. A utlização de apenas cinco primers permitiu a obtenção de 136 fragmentos polimórficos. A classificação hierárquica obtida mostrou alto nível de dissimilaridade entre e dentro das espécies. Nítida separação foi obtida entre acessos de P. edulis e da forma flavicarpa, de alto interesse comercial, fracamente diferenciados pelas características morfológicas e agronômicas. A utilização desses marcadores na avaliação dos recursos genéticos de Passiflora, é atrativa para o melhorista e poderá muito auxiliar na identificação dos acessos, pela facilidade, rapidez e pelo baixo custo na condução das avaliações.