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Se describe el microbioma bacteriano y fúngico de la hoja de banano (Musa x paradisiaca) en estado sano y necrótico de la enfermedad Sigatoka Negra (Pseudocercospora fijiensis), evaluando manejos agronómicos orgánico y convencional en la provincia de El Oro, Ecuador. Las muestras recolectadas se sometieron a secuenciamiento de ADN y análisis en las regiones 16S (V3-V4) e ITS. Se encontró que el microbioma fúngico de las hojas de banano del cultivo orgánico disminuye su diversidad en presencia del patógeno, mientras que en el sistema convencional la diversidad aumenta. Además, se describe un ASV del género Pseudomonas sp. incrementado en la hoja sana orgánica, asociado al clado de Pseudomonas fluorescens, un microorganismo benéfico para las plantas. El microbioma endófito presente en la filósfera del banano depende del sistema de cultivo y la presencia del patógeno cambia significativamente la composición microbiana. Palabras clave: necrótico, secuenciamiento, diversidad, ASV, filósfera