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Se presenta como resultado un sistema para el cálculo de la efectividad y la eficiencia del proceso de intgración de la gestión de la ciencia, la innovación tecnológica y el medio ambiente a escala territorial, desarrollado en la provincia de Cienfuegos, Cuba (estudio de caso). Su objetivo es evaluar a ese nivel la efectividad y la eficiencia alcanzada enla implementación de un modelo dinámico para ordenar las interfases e integrar la gestión de estas dimensiones. Se utilizó como método de investigación la consulta de expertos, a partir de cuyos resultados se definen los aspectos a tomar en consideración para diferenciar el comportamiento del sistema en correspondencia con la aptitud que expresen las organizaciones para poder integrar la gestión de dichas dimensiones a través de las interfases. La evaluación del sistema vale como una herramienta novedosa en la validación del proceso de gestión integrada y además, aplicable a otros procesos similares.