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El trabajo realiza una serie de reflexiones y aportes para contribuir al desarrollo de un pensamiento complejo en la ciencia. Partiendo desde un marco transdisciplinario basado en la epistemología de la complejidad de Edgar Morin, complementado con algunas herramientas conceptuales de la teoría post-marxista de Ernesto Laclau y Chantal Mouffe, examina los criterios teóricos, ético-políticos y epistemológicos básicos para pensar en la construcción de una nueva ciencia compleja, que promueva la crítica política radicalizada y el reconocimiento explícito de los valores subjetivos, sin perder la rigurosidad y la relativa autonomía del conocimiento científico.