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Fusarium graminearum isolates causing Fusarium head blight in wheat were collected in Brazil and analyzed by random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers and vegetative compatibility grouping (VCG). Nitrate non-utilizing mutants (nit) from each isolate were paired to verify heterokaryon formation. Three VCGs were identified among F. graminearum isolates: VCG1 included F-2, F-3 and F-4 isolates; VCG2 included F-1, F-6 and F-9 isolates; VCG3 included F-5, F-7 and F-8 isolates. Based on PCR amplification with eight different primers, the isolates showed great genetic similarity among themselves. Dendrogram analysis demonstrated two RAPD groups: Group A, consisting of isolates F-2 and F-9, and Group B, composed of the remaining isolates. Results suggest the clonal origin of F. graminearum isolates.<br>Isolados de Fusarium graminearum, obtidos de espigas de trigo com sintomas de Giberela, foram analisados pela técnica do Polimorfismo de DNA Amplificado ao Acaso (RAPD) e pelos Grupos de Compatibilidade Vegetativa (GCV). Mutantes auxotróficos (nit) de cada isolado foram pareados em todas as combinações possíveis, para a formação de heterocários. Três GCVs foram identificados: GCV1, incluindo os isolados F-2, F-3 e F-4; GCV2, incluindo os isolados F-1, F-6 e F-9; e GCV3, formado pelos isolados F-5, F-7 e F-8. Dois grupos foram identificados com base nos marcadores de RAPD: o grupo A, formado pelos isolados F-2 e F-9, e o grupo B, composto pelos demais isolados, os quais apresentaram grande similaridade entre si. Os resultados sugerem a origem clonal dos isolados de F. graminearum analisados.