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Los marcadores moleculares son una herramienta necesaria en muchos campos de la biología, incluyendo; bio-medicina, mejoramiento, ciencias forenses y estudios de diversidad. Además se utilizan para localizar y aislar genes de interés. Ya existe una gran variedad de técnicas para llevar a cabo análisis de marcadores moleculares basados en ADN. Las técnicas individuales involucran distintas metodologías usadas rutinariamente en la biología molecular. Los diferentes tipos de marcadores se distinguen por su capacidad de detectar polimorfismo en loci únicos o múltiples y si son de tipo dominante o co-dominante. El sistema óptimo de marcador molecular dependerá de la infraestructura de cada laboratorio y de las aplicaciones que son de interés para el investigador.