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O objetivo deste estudo foi avaliar o desempenho dos municípios da região sudeste do Brasil na alocação de recursos na atenção básica da saúde, nos anos de 2007 a 2010. Utilizou-se índices de eficiência da metodologia de Data Envelopment Analysis (DEA) como medida de desempenho, avaliando se houve alterações na produtividade destes municípios. A variação da produtividade foi mensurada pelo índice de Malmquist adaptado por Ray e Desly (1997). Analisando 1.097 municípios, pôde-se inferir que a maioria deles apresentou redução da produtividade na alocação de recursos na atenção básica na região sudeste do Brasil.