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A bioprospecção de micro-organismos que possam ser utilizados na biorremediação de ecossistemas degradados é o primeiro passo nas pesquisas que visam utilizar a atividade microbiana para converter substâncias tóxicas em compostos menos nocivos. A Baía de Guanabara, no Sudeste do Brasil, constitui um bioma com grande quantidade e diversidade de poluentes lançados em suas águas, o que compromete a saúde ambiental de tal ecossistema. O presente estudo teve como objetivo avaliar o potencial de biorremediação de bactérias isoladas das praias da Baía de Guanabara. Os micro-organismos foram isolados, identificados, guardados em coleção de cultura e investigados em pesquisas biotecnológicas de biorremediação, quanto à resistência aos metais mercúrio e cromo. Foi avaliada a presença de genes envolvidos nos processos de biorremediação, sendo eles os genes merA, ChrA e ChrB. Dos 169 micro-organismos testados, 8,8% apresentaram resistência ao mercúrio de até 3 mg/L e, em dois isolados, detectou-se a presença do gene merA. Um total de 25,2% dos micro-organismos apresentou resistência ao cromo de até 1 μg/L. Contudo, em nenhum isolado houve presença dos genes ChrA e ChrB nas condições utilizadas