Prediction of deleterious single nucleotide polymorphisms and their effect on the sequence and structure of the human CCND1 gene
oleh: Bharath Yoganarasimha, B.E, Vivek Chandramohan, M.Sc, Thirupathihalli P. Krishna Murthy, M.Tech, Bhavya S. Gangadharappa, M.Tech, Gowrishankar B. Siddaiah, Ph.D, Makari Hanumanthappa, M.Sc
| Format: | Article |
|---|---|
| Diterbitkan: | Elsevier 2017-06-01 |
Deskripsi
أهداف البحث: إن الجين CCND1 المعبر للبروتين G١/S-السيكلين المحدد٬ والمنظم لانتقاله في دورة الخلية يثبط أيضا البروتينات في الأورام الأرومية الشبكية. وزيادة التعبير أو إعادة التنظيم في هذا الجين قد تؤدي إلى أورام مختلفة. تهدف هذه الدراسة لتحديد الأضرار الممكنة غير المترادفة من النيوكليوتيد الوحيد المتعدد الأشكال للجين CCND1 باستخدام الطرق الحاسوبية. طرق البحث: تم استعادة النيوكليوتيد الوحيد المتعدد الأشكال في جينات الإنسان CCND1 من قاعدة معلومات النيوكليدات الوحيدة المتعددة الأشكال. تم فحص هذه النيوكليوتيدات الوحيدة المتعددة الأشكال بواسطة فرز عدم الاحتمال من الاحتمال والتنبؤ بخوادم النيوكليوتيدات الوحيدة المتعددة الأشكال. كما تم بناء الطفرات التي تحوي النيوكليوتيدات الوحيدة المتعددة الأشكال الضارة باستخدام استديو الاكتشاف ٥٬٣ وأجريت الدراسات الديناميكية على أصناف محلية وطافرة. النتائج: تم العثور على ١١٩٤ من النيوكليوتيدات الوحيدة المتعددة الأشكال في الإنسان٬ منها ٩٤ مغلطة و٢ لا قيمة لها. كما وُجدت ثلاث نيوكليوتيدات وحيدة متعددة الأشكال ضارة. وأظهرت الدنياميكيات الجزيئية وتحليل المسار انحرافا كبيرا في قيم متوسط جذر الانحراف التربيعي في الطفرة N٢١٦K من قيم البروتين المحلي. الاستنتاجات: استنادا على هذه الدراسة٬ نقترح أن النيوكليوتيدات الوحيدة المتعددة الأشكال مع تعريفها ل rs١١٢٥٢٥٠٩٧ NM_٠٥٣٠٥٦.٢:c.٦٤٨C>G)) قد تسبب انحرافات في جين CCND 1٬ التي قد تؤدي بالتالي إلى تغيرات في وظائف البروتين G١/S-السيكلين المحدد. وهذا٬ بالمقابل يمكن أن يكون السبب في حدوث سرطان الدم النخاعي الحاد.