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Campylobacter jejuni e C. coli constituem as espécies termofílicas mais frequentemente isoladas em casos de enterites humanas, devido a ingestão de alimentos à base de frango mal cozido ou através da contaminação cruzada durante a manipulação de alimentos crus. A diferenciação bioquímica de C. jejuni e C. coli apresenta inconsistências, como por exemplo, a hidrólise do hipurato e a sensibilidade ao ácido nalidíxico e à cefalotina. Desta forma, a aplicação de métodos moleculares se faz necessário na identificação dessas  espécies. O objetivo deste trabalho foi realizar a identificação de C. jejuni e C. coli isolados de carcaças resfriadas de frango pela multiplex PCR. Para isso, uma subunidade do gene oxirredutase (160 pb) e gene de virulência ceuE (894 pb), específicos para C. jejuni e C. coli, respectivamente. Dos 21 isolados analisados pela bioquímica, 19 (90,48%) foram identificados como C. jejuni, um (4,76%) como C. coli e um (4,76%) não identificado. A multiplex PCR confirmou a presença de 90,48% de C. jejuni e 9,52% de C. coli. A abordagem proposta apresentou rapidez, sensibilidade e especificidade, e assim, poderia ser considerada uma boa alternatina para ensaios clínicos de rotina e estudos epidemiológicos.