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Objetivo: Estimar la efectividad de la vacuna antigripal según el criterio de selección en la toma de frotis. Método: Estudio de casos y controles de casos confirmados (n = 909) y controles negativos para gripe (n = 732) en las temporadas 2010-2011 a 2012-2013 en Navarra. La efectividad ajustada de la vacuna se estimó incluyendo todos los frotis de pacientes con síndrome gripal y seleccionando sólo los dos primeros por médico y semana. Resultados: Los dos primeros pacientes por médico y semana estaban menos vacunados (7,9% frente a 12,5%, p = 0,021) y se confirmaron menos para gripe (53,6% frente a 66,4%, p <0,001), diferencias que se redujeron al ajustar por covariables. La efectividad de la vacuna calculada con todos los frotis fue del 49% (intervalo de confianza del 95% [IC95%]: 23-66%) y del 55% (IC95%: 27-72%) al analizar los dos primeros frotis semanales. Conclusión: La selección de los primeros pacientes semanales puede sesgar la efectividad de la vacuna antigripal, aunque en las temporadas analizadas este sesgo fue pequeño.