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Face aux impacts résiduels d'un projet d'aménagement, les mesures compensatoires doivent permettre de rétablir la qualité et la biodiversité des milieux naturels impactés à un niveau au moins équivalent de l'état initial. Véritable défi technique et organisationnel, la conception et la mise en œuvre de ces mesures nécessitent d'évaluer l'équivalence écologique en mettant en miroir les pertes engendrées par les projets et les gains attendus des mesures compensatoires, pour les intégrer ensuite dans le territoire aménagé. Cet article présente ici une méthode spécifique et novatrice appliquée dans le cadre du projet de contournement ferroviaire Nîmes-Montpellier.