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El presente trabajo se realizó en el lago Chongón, Guayas, ubicado en el Km. 26 de la vía a la Costa, al oeste de Chongón, con una posición geográfica de 02º13’08.61’’S y 80º07’31.86’’O. Se realizaron cuatro salidas de campo entre los meses de diciembre del 2011 y abril del 2012. Las muestras de zooplancton se obtuvieron en ocho estaciones, de las cuales cuatro se encontraban ubicadas en la zona litoral y cuatro en la zona limnética. Se encontraron 12 especies de cladóceros, pertenecientes a 11 géneros y 7 familias: Chydorus sphaericus Müller, 1785; Kurzia latissima Kurz, 1874; Leydigiopsis brevirostris Brehm, 1938; Alonella nana Baird, 1843; Bosmina longirostris O.F. Müller, 1776; Moina micrura Kurz, 1874; Ceriodaphnia cornuta Sars, 1885; Simocephalus vetulus OF Müller, 1776; Simocephalus acutifrons Johnson, 1954; Diaphanosoma brachyurum Liévin, 1848; Ilyocryptus spinifer Herrick, 1882 y Drepanothrix dentata Eurén, 1861. La diversidad obtuvo un índice alto, con H’= 2.2440 bitios y una equitatividad de E=0.6259. Los índices de diversidad para las zonas litoral y limnética, muestran una diferencia notable a favor de la zona litoral con un valor de H’= 2.7228 bitios y una equitatividad de E=0.8197 versus H’=0.3169 bitios y E= 0.0916 para la zona limnética. Esto confirma la hipótesis que sostiene que la zona litoral presenta una mayor densidad y diversidad de cladóceros.