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A estrutura de comunidades de morcegos no Brasil ainda é pouco estudada e vêm sofrendo sérias modificações devido à perda de habitats. O principal objetivo do presente trabalho foi estudar a comunidade de morcegos da Estação Experimental de Itirapina, município de Itirapina, Estado de São Paulo. Nesta Estação, além das espécies cultivadas de Eucalyptus e Pinus, há diversas plantas que podem fornecer alimento aos morcegos. Entre julho de 2001 e julho de 2006, foram realizadas 58 sessões noturnas de captura de morcegos com 4 a 12 redes-de-neblina dispostas a cada sessão. Nesse período, foram capturados 720 indivíduos de 16 espécies de morcegos dos quais 13 pertencem à família Phyllostomidae, duas à Vespertilionidae e uma à Molossidae. A curva cumulativa de espécies atingiu o equilíbrio, no qual apenas espécies raras são acrescentadas. Cinco espécies (Artibeus lituratus, Platyrrhinus lineatus, Carollia perspicillata, Glossophaga soricina e Sturnira lilium) representaram 80% dos morcegos capturados na Estação Experimental, onde se alimentavam de frutos de plantas pioneiras, tais como Cecropia pachystachya, Solanum spp. e Piper spp. A prevalência do vírus rábico foi zero na amostragem das 10 espécies analisadas. Apesar de estar muito modificada, a Estação Experimental de Itirapina pode ser uma importante área de abrigo e alimento para os morcegos e tem potencial de atuar como corredor entre áreas de Cerrado e Mata Atlântica.