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Se realizó un análisis filogenético preliminar, con secuencias de los espaciadores internos transcritos del rDNA (nrITS) nrITS, apoyando la ubicación de Muellera como entidad monofilética, hermana del género Dahlstedtia, siendo ambos grupos hermanos de Lonchocarpus. Se estudiaron 13 especies de Muellera de Mesoamérica y norte de Sudamérica; se hacen tres cambios nomenclaturales de Lonchocarpus a Muellera; se describen tres especies nuevas para la ciencia: Muellera amazonica, M. burkartii y M. chocoensis. Además se describen e ilustran a M. frutescens, M. tubicalyx y M. unifoliolata y se presenta una clave dicotómica para contrastar las diferencias entre los componentes reconocidos del género.