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La comparación tridimensional o en el espacio de varias estructuras de proteínas, con el objetivo de encontrar residuos espacialmente equivalentes, constituye, en la actualidad, una importante tarea a desarrollar en el campo de las investigaciones bioinformáticas. Mediante la comparación, se pueden identificar las regiones conservadas entre proteínas diferentes, generar hipótesis sobre sus relaciones evolutivas, predecir nuevas funcionalidades a partir de la comparación con otras proteínas mejor estudiadas, así como, estudiar las enfermedades que son provocadas por mutaciones de las proteínas. Muchos trabajos han sido desarrollados en los últimos años con este objetivo. Estos se diferencian entre sí por el método o algoritmo implementado, además del nivel de la estructura y el número de proteínas que intervienen en el alineamiento. En el presente trabajo se describen los diferentes tipos de métodos de comparación de proteínas, sus ventajas, desventajas, principales características y su importancia para el estudio de las proteínas.