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Los humedales de San Pedro sostienen redes tróficas del sistema fluvial debido a la alta disponibilidad de hábitats y a sus variaciones espacio-temporales. En esta investigación se estudió la composición, densidad y biomasa de la ictiofauna de los humedales; se capturaron 1 049 organismos de 25 especies, dos son exóticas: Oreochromis niloticus y Parachromis managuense. Con 23 especies capturadas en el sitio I, 17 en el II y 14 en el III. En la época de secas se obtuvo mayor riqueza con 21 especies, lluvias con 17 y cinco en nortes. La mayor densidad se mostró en el sitio II (0.23ind./m²), seguido de los sitios I y III (0.12, 0.12ind./m²). La mayor biomasa fue en secas (8.30g/m²), seguida de lluvias (2.1g/m²) y por último nortes (0.01g/m²). La mayor densidad se mostró en secas (0.43ind./m²) y la mínima en nortes (0.023ind./m²). Las especies dominantes en densidad según el diagrama Olmstead-Tukey fueron: Petenia splendida, Vieja heterospila, Vieja synspila, Dorosoma petenense y Astyanax aeneus. Por lo tanto, existieron diferencias significativas en los parámetros ecológicos y ambientales. Al considerar la variación en la riqueza podemos concluir que los humedales del río San Pedro, es un sistema donde la composición de la ictiofauna responde a las fluctuaciones espaciales y temporales.