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Variações na microbiota leveduriforme presente no fermento endógeno utilizado para fabricação do queijo Canastra foram avaliadas no período das águas (PA) e no período da seca (PS). O queijo Canastra é produzido na região da Serra da Canastra, Minas Gerais, de forma artesanal a partir de leite cru de vaca e utiliza como cultura iniciadora um fermento endógeno obtido após prensagem e salga do queijo. Um total de 115 estirpes foram isoladas de 16 amostras do fermento endógeno coletadas em 8 unidades produtoras nos dois períodos amostrados e identificadas pela metodologia tradicional e pelo sistema API C 20 AUX. As espécies de leveduras predominantes no PA foram Debaryomyces hansenii, Torulaspora delbruekii e Kluyveromyces lactis. No PS, predominaram as espécies Kluyveromyces lactis, Torulaspora delbruekii e Kluyveromyces marxianus. Os resultados demonstram que as espécies leveduriformes presentes no fermento endógeno da Serra da Canastra, nos dois períodos avaliados, são basicamente as mesmas, variando a freqüência com as quais ocorrem.