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Objetivo: Determinar la frecuencia de ansiedad y depresión en médicos residentes en centros hospitalarios en México durante la pandemia de COVID-19. Métodos: Se realizó estudio transversal observacional de junio ​​a diciembre de 2020. Se identificaron médicos residentes de diferentes hospitales de la Secretaría de Salud en Puebla. La muestra incluyó a 247 médicos residentes, quienes fueron entrevistados individualmente y a través de un cuestionario de CEMEVI (Centro Médico Virtual de Alta Especialidad). Resultados: La frecuencia de ansiedad fue de 17 % y de depresión, de 45 %. El grupo etario más frecuente fue el de 26 a 31 años: 124 médicos fueron mujeres y 123 hombres; los médicos de las especialidades que mostraron mayor frecuencia de depresión fueron anestesiología, medicina interna y pediatría; y de ansiedad, medicina interna y pediatría. Los factores de riesgo para depresión fueron ansiedad (RM = 36.9), historia de contacto con paciente con COVID-19 (RM = 2.49, p = 0.035) e historia de ansiedad en los padres (RM = 2.6, p = 0.009). La ansiedad se asoció con historia de padres con este trastorno (RM = 2.3, p = 0.031). Conclusiones: La frecuencia de depresión y ansiedad en la población de médicos residentes debe alertar a buscar respuestas al problema.