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Antecedentes: El análisis de las trayectorias académicas es fundamental para evaluar la formación de los estudiantes y la estructura de los programas de estudio de educación superior, lo que permite diagnosticar y prevenir el rezago y abandono escolar. Objetivo: Analizar las diferencias en las trayectorias académicas de los estudiantes de las licenciaturas en ciencias de la salud de la UNAM de las generaciones 2001 a 2016. Material y métodos: Estudio de cohortes reales; se calcularon tasas de egreso y rezago. Se realizó ANOVA para contrastar el egreso entre planteles por carrera y tiempo. Para identificar los períodos críticos se utilizaron funciones de supervivencia con el método de Kaplan-Meier. Resultados: En las licenciaturas en enfermería y medicina se observaron los menores porcentajes de rezago; enfermería presentó los mayores porcentajes de egreso, sobre todo en la Facultad de Estudios Superiores Zaragoza; odontología mostró los menores índices de egreso y mayores índices de abandono y rezago. Las mujeres mostraron mayor egreso y menor riesgo de abandono y rezago. Conclusiones: Los estudiantes de las licenciaturas en enfermería, medicina y psicología de las facultades de estudios superiores Zaragoza e Iztacala, con programas modulares, alcanzaron los mayores porcentajes de egreso y menores índices de abandono y rezago.